Hacia el siglo XVI el territorio en el cual se encuentra Charata estaba poblado por etnias del conjunto pámpido, las cuales eran trashumantes y obtenÃan sus recursos principalmente de la caza y de la recolección, al competir por tales recursos tales etnias entraban frecuentemente en conflicto; de las mismas se destacan la emokovit, la abipón y la toba|qom'lek.
El sitio en el cual se fundó el actual núcleo urbano de Charata se encuentra en uno de los accesos al Campo del Cielo.
Tras 1885, la zona comenzó a recibir una importante inmigración europea, de modo que muchos charatenses son descendientes de inmigrantes italianos, españoles, y en menor grado alemanes. La estación del kilómetro 708 del ferrocarril, y la alta productividad de sus tierras fueron los principales motores de su desarrollo.
El 4 de octubre de 1914 la población recibió su reconocimiento oficial.